مطالب مرتبط: صومعه‌های تاریخی ارمنستان، گنجینه‌ای ماندگار زیباترین جاذبه های ایران از دید انگلیسی ها
داخل این کلیسا با استفاده از نقاشی های دیواری زیبا، کاشی ها و تابلوهای نقاشی تزئین شده است. تمامی این آثار سعی در به تصویر کشیدن بخشی از زندگی حضرت مسیح را دارند. به غیر از این نقاشی ها که تقلیدی از سبک ایتالیایی هستتند، معماری و دکوراسیون های این کلیسا همگی ایرانی هستند.
این کلیسا یک محراب گنبدی هم دارد که خیلی به معمار مسجدهای ایرانی و اسلامی شبیه است، اما همانند کلیساهای غربی، یک محراب هشت ضلعی کلیسا هم به آن اضافه شده است. نقاشی های آبی و طلایی که روی سقف این گنبد قرار دارند داستان هایی از انجیل را که در مورد خلقت آدم وحوا و اخرج آنها از بهشت بود را روایت می کنند.
این کلیسا یک موزه ی کوچک، ولی خاص هم دارد. بخش های اصلی این موزه شامل نقاشی های قدیمی و کتابخانه غنی‌ای که می شود که برای تحقیق های هنری و یا تحقیق در زبان ارمنی، اروپای قرون وسطی بسیار مناسب است.
این موزه که به اهمیت این کلیسا می افزاید، برخی اشیاء قدیمی و تاریخی، دست نوشته ها و مدارکی در مورد تاریخ ارمسنتان را هم به نمایش گذاشته است. قدیمی ترین کتاب چاپ شده از اصفهان و بعضیا از احکام و فرمان های پادشاهان ایرانی که قدیمی ترین آن متعلق به زمان شاه عباس است هم در این موزه به چشم می خورد.
یکی از معروف‌ترین اشیایی که در این موزه نگهداری می‌شود، تار موی دختری ۱۸ ساله‌ای است که روی آن در سال ۱۹۷۴ میلادی فرازی از کتاب تورات به زبان ارمنی نوشته شده است.
در قرن ۱۷م یک انتشارات چاپی در اصفهان توسط اسقف خاچتور تاسیس شد. اولین کتابی که این انشارات منتشر کرد مزامیر (یکی از بخش‌های تنخ یهودی و عهد عتیق در انجیل) بود که تنها نسخه باقی مانده از آن در شهر اسکفورد انگلستان نگهداری می شود.
به صورت کلی، مجموعه ی این کلیسا دوره های مختلف سیاسی، اقتصادی و اقیت بودن ارامنه در ایران از اواسط قرن ۱۷ را نشان می دهد. کلیسا وانک یکی از اولین کلیساهایی است که بعد از جنگ های عثمانی در اروپا بین سال های ۱۶۰۳ و ۱۶۰۵ توسط مردم ارامنه در شهر اصفهان و در دوران شاه عباس ساخته می شود.
